自創院以來始終以服務社會、維護民眾健康為宗旨，抱持著「在地人的醫院」的信念，從民眾、家庭到社區，不僅了解其健康狀況，提供適時、適當的健康服務，同時還包含了心理及靈性的照顧，為進一步照顧弱勢團體醫療需求，本院擔負起雲林縣唯一24小時小兒夜間急診、陸續發展兒童早期療育，除此之外，為因應雲林地區人口高齡化趨勢，更積極設立失智老人養護、安寧療護等長期照護單位，以提供病患及其家屬身、心、靈的照顧。全院上下為謀求社會大眾的健康福祉，無不兢兢業業，精益求精，醫療人員及科別也相繼增添，期能提供更好的醫療服務。
今後的目標不同於以往，過去是民眾沒有錢醫病，教會醫院補空；如今已有全民健保，若瑟在各醫院以健保給付高低為衡量標準的情況下，不以賺錢為目的，專門做些人家不做的、政府看不到、社會需要的醫療工作。未來，我們希望這間屬於在地人的醫院，除了上述各項服務能持續維持品質，亦應提供更完整的醫療服務，造福更多雲林鄉親。雲林縣的老年人口將近15%，為全國最高的縣市之ㄧ，比全國平均多出5%，獨居和貧困的老人多，因此我們將擴展老人的社區醫療業務，「老人社區健康促進業務」是我們現階段急需努力的目標。